El primer gol en una competición europea del club hispalense fue obra de Pahuet contra el Benfica. Por el nuevo continente, tras contactar con el Club Atlético River Plate, los dirigentes del club argentino remitieron a los españoles a invitar al Club Deportivo Los Millonarios, camisetas de futbol baratas aludiéndoles como el mejor equipo del momento en América. El Pucela acabó la temporada como subcampeón, como el equipo más goleador con 71 goles, gracias a los 20 goles del israelí Shon Weissman. Para 1944 se había agotado el dinero donado por el Municipio y el posterior aportado por Manuel Briceño Pardo y Alberto Lega, pero afortunadamente se decide conformar una Primera Junta con el nombre de Millonarios (eliminando por primera vez el nombre de «Municipal»), bajo la presidencia de Francisco Afanador y que gracias a los aportes de los dirigentes, logra devolver a la normalidad la situación financiera del equipo, además se tenía como objetivo gestionar y cristalizar el proyecto de un club organizado de nivel profesional y se continuó consolidando esta idea en los siguientes dos años, teniendo como hechos principales, dos reuniones celebradas en el Teatro Atenas en noviembre de 1945 y la segunda el 22 de mayo de 1946 donde se firma el Acta 001 y se lleva a cabo la primera asamblea general de la nueva institución.
Pasado un año de vida, el equipo rápidamente continúa ganando el apoyo de la gente gracias a sus contundentes triunfos, por lo que en un sorprendente hecho, todos sus jugadores, dirigidos por su vocero Ignacio «Nacho» Izquierdo (primer hombre importante en la historia de la institución) son convocados para formar la primera selección de fútbol de Colombia de la historia, que participó por primera vez en el mes de febrero en los Juegos Centroamericanos y del Caribe celebrados en Ciudad de Panamá, consiguiendo la Medalla de Bronce en un excelente debut. El equipo alcanzó a ganar 17 partidos consecutivos (Récord en Colombia) y sumó 20 fechas de invicto, cayendo en la última fecha, lo que obligó al desempate. El Campeonato colombiano 1953 fue el final del ‘‘Dorado’’, las figuras extranjeras regresaban a sus países, pero seguía habiendo un equipo muy superior a los demás, ya sin Di Stéfano, pero con Adolfo Pedernera, Néstor Rossi y Alfredo Castillo, Millonarios gana su tercer título en línea, y sólo perdió un partido: en la primera fecha ante el Atlético Quindío en Armenia 0-1 y no volvió a perder en las restantes fechas, ganó 14 juegos y empató 7, anotó 57 goles y fue la mejor defensa con 22 tantos recibidos, sumo 35 puntos, dos más que el Atlético Quindío que fue su más cercano perseguidor.
El primer equipo al que se le llamó Millonarios formaba con: Carlos Álvarez, Antenor Rodríguez (Capitán), Ignacio ‘‘Nacho’’ Izquierdo, Alfredo Cuezzo, Alfonso ‘‘Che’’ Piedrahíta, Óscar Sabransky, Vicente Lucífero, Antonio Ruiz Díaz, Luis Timón, José Antonio ‘‘Mico’’ Zapata y Antonio Martínez. Al equipo se vinculan nuevos directivos, varios de ellos ligados a las autoridades de la ciudad, como Álvaro Rozo (Secretario de Gobierno de Bogotá), que asume como Presidente, Hernando Beltrán que es nombrado como Secretario, Antonio José Vargas y Manuel Briceño Pardo. A partir de 1940 y con el equipo ya estructurado y dejando de lado su pasado como seleccionado de la ciudad, equipaciones futbol baratas ingresó al campeonato de la A.D.B. Tras haber pasado la temporada de 1993 aquí, Anji se trasladó al principal estadio republicano «Dynamo» en 1994, pero después de pasar una temporada allí, en 1995 regresó de nuevo al «Trud» del Kaspiysk. Estaba previsto que el estadio reconstruido se utilizara antes de la construcción de un estadio más moderno Anji City, con capacidad para más de 40.000 espectadores.
Después de cinco años y con el inicio del ciclo en la dirección técnica de su exarquero en la época del «Dorado», el médico Gabriel Ochoa Uribe, volvió a ser campeón en el Campeonato colombiano 1959, con la mejor defensa (solo 8 partidos perdidos) y un total de 58 puntos, seis más que el Independiente Medellín y 8 más que Deportivo Cali, sus más duros rivales durante la temporada. Pese a las dudas generadas por el equipo antes del inicio de la temporada, el equipo demostró en el comienzo de liga ser un bloque compacto y con gente con calidad y definición arriba. El 15 de agosto de 1948 debutó Millonarios en el inicio del profesionalismo, en El Campín, a las 4:00 de la tarde, con lleno de 25 000 espectadores y goleada por (6:0) sobre el Once Deportivo de Manizales, el árbitro fue Luis Rendón y el cuadro albiazul formó con: Rubén Rocha, Ángel Insagaray, Tomas Aves, Luis Mendoza, Alfonso Piedrahíta, Policarpo «Polo» Pérez, Alfonso «Pipiolo» Rodríguez, Víctor Manuel Fandiño, Alfredo Castillo, Pedro Cabillón y Alcides Aguilera.