En Múnich, Brasil enfrentaba a Australia que se había impuesto en los minutos finales a Japón por marcador de 3-1. El partido al igual que contra Croacia hizo ver a un Ronaldo en muy mal estado físico, pero de nuevo no fue necesaria su ayuda al ganar Brasil por 2-0. El 22 de junio en partido contra Japón en Dortmund, las predicciones se torcieron al anotar Ronaldo los dos tantos que no solo le darían la victoria a Brasil por 4-1, sino que también harían que igualara el récord de Gerd Müller de goles anotados en copas del mundo. Luego el 27 de junio en Dortmund contra Ghana en los octavos de final, anotó el gol que lo convertiría en el jugador que ha hecho más goles en copas del mundo (récord que mantuvo durante ocho años, siendo superado por Miroslav Klose en 2014). Brasil ganó el encuentro ante los ghaneses por 3-0. Pero en los cuartos de final enfrentarían a la Francia de Zinedine Zidane, que de nuevo arruinó el sueño de Brasil al derrotarlos por 1-0 en Fránkfurt.
Su mala relación con el entrenador del Inter de Milán, Héctor Cúper, fue el motivo de su adiós. En el partido de ida, disputado en el Estadio Cartagonova, el Efesé gana 2-1 con goles de Héctor Yuste y de Samuel Bayón. Ronaldo no logró destacar demasiado en el partido, pero al igual que cuatro años antes en Francia, no se requirió demasiado de su ayuda, y Brasil derrotó 2-1 a Inglaterra. Ya en el partido, Ronaldo tuvo un choque en el aire con el portero Fabien Barthez que el árbitro no señaló como falta a favor del brasileño. Sin embargo, fue distinta la convocatoria para el Mundial, porque además de Ronaldo, Scolari convocó a una joven promesa del fútbol, Ronaldinho Gaucho. El 2006 llega en un momento crítico para Ronaldo y el Real Madrid, pues su eterno rival el F. C. Barcelona se había llevado las ligas de la temporada 2004/2005 y 2005/2006 además de la Liga de Campeones 2005/2006 liderados por Ronaldinho.
Tras esta eliminación, el Real Madrid entró en un período convulso que significó el final de la era de los «galácticos». En el mismo año que llegó al Real Madrid fue premiado con el Balón de oro antes de disputar un partido amistoso contra la selección mundial de la FIFA, juego que se celebró con motivo del centenario del Real Madrid. Después de que a Bélgica le fuese anulado un gol en supuesto fuera de juego de su estrella Marc Wilmots, Brasil comenzó a mejorar y en la segunda parte anotó primero por intermedio de Rivaldo en el minuto 67 y Ronaldo en el minuto 87, equipaciones futbol baratas terminando 2-0 a favor de Brasil. Esta lesión lo dejaría más de un año fuera de los terrenos de juego. Y en noviembre del 2016 finalizando el año se venían las dos últimas fechas del año donde en la jornada 11, Brasil recibió en Belo Horizonte la visita de su eterno rival Argentina, donde golearon a los albicelestes por 3-0 con goles de Neymar, Philippe Coutinho y Paulinho y en la fecha 12 la Canarinha visitó a Perú en Lima donde ganaron por 0-2 con goles de Gabriel Jesus y Renato Augusto llegando a 27 unidades certificando en el peor de los casos el cupo de repechaje.
Ronaldo no apareció en el partido, y al final del juego, se impuso la canarinha con gol de Kaká, pero el equipo no mostraba el fútbol que lo hizo favorito a retener el título durante la fase eliminatoria. El técnico de Brasil, Luiz Felipe Scolari, convocó a Ronaldo a la selección brasileña para el la Copa Mundial de Fútbol de 2002. Brasil no llegaba como favorito debido a que no contaba con jugadores de muy alto nivel en la eliminatoria. En el 2002 también volvió a ganar el premio FIFA al mejor jugador y, tras ganar la final de la Copa del Mundo, fue traspasado al Real Madrid. El fichaje de Ronaldo fue el culebrón del verano de 2002 -llenando portadas de periódicos durante todo el mes de agosto- y se cerró por 45 millones de euros a una hora de que cerrase el mercado de fichajes. En semifinales se enfrentarían de nuevo a Turquía, una de las sorpresas del campeonato junto con Corea del Sur. Aunque la temporada la inició el entrenador Tolo Plaza, es el asturiano Ismael Díaz Galán quien le reemplaza tras una serie de malos resultados.