Este es el primer título mayor, ya que la Copa Bullrich (que ganó en 1909) era un torneo de clubes de ascenso. Durante los años 50 el equipo vive una buena época en la que logra vencer en todas las competiciones en las que participa, logrando en la temporada 1958-59 la Copa Galicia de aficionados y el ascenso a la Tercera División Española, en la cual permanecería hasta la temporada 1966-67 en la que el equipo bajó. Tras la llegada de Rubi al banquillo del Almería, se revierte ligeramente la tendencia del equipo logrando tres victorias, dos empates, y tan solo una derrota, sin embargo y, desafortunadamente para el Almería, y a pesar de haber estado ocupando durante 25 jornadas consecutivas (desde la jornada 14 hasta la 39) los puestos 2.º y 3.º exclusivamente, el equipo almeriense no logró el ascenso a Primera División de manera directa y tuvo que jugar los Playoffs de ascenso a Primera División por segundo año consecutivo. Igualó en la primera posición con Porteño, con quién disputó y perdió el desempate por el título de una forma muy polémica; en aquel partido que se encontraba empatado 1-1, Independiente marcó un gol en los últimos minutos que lo consagraba campeón, que fue anulado maliciosamente por el árbitro, lo que motivó fuertes protestas de los jugadores, que culminó con la expulsión de tres.
En 1918 obtuvo por segunda vez la Copa de Honor; venciendo en 16avos de final al Club Columbian, en otro clásico de Avellaneda contra Racing Club por 2-1, en cuartos contra Boca Juniors por 2-1, en semifinales por 3-1 contra Newell’s Old Boys, y la final por 1-0 contra Platense con un gol de Gualberto Galeano. En 1917 se consagró ganador de la Copa de Competencia Jockey Club dejando en el camino a Racing Club, Ferro, Club Columbian, San Lorenzo y en la final a Estudiantes de La Plata. Equipo que en 1924 se adjudicó la Copa Competencia. En 1914 el club obtuvo su segundo trofeo, la Copa Competencia «La Nación», venciendo sucesivamente al Lanús United, All Boys y a Kimberley en semifinales, alzó su segundo trofeo desde su fundación. Como ganador de esta jugó la Copa de Honor Cousenier contra Peñarol. La final nunca se disputó porque Argentino de Quilmes se desafilió de la FAF (por motivos desconocidos) antes del partido e Independiente fue declarado ganador. Paco Gento (arriba), fue uno de los líderes deportivos del club junto a Amancio Amaro (abajo) del «Madrid yeyé».
Este club se encontraba de gira en Buenos Aires, en la cual se enfrentó al Alumni argentino y lo goleó por 6-0. Langone quedó sorprendido ya que Alumni era el mejor equipo local de aquel entonces, y se decidió a copiar la estética del club inglés. A pesar de la buena campaña, termina segundo en los cuadrangulares por detrás del Deportivo Pasto. Sin embargo, popularmente fue siempre conocido como «Estadio de Chamartín», siendo el primer estadio en propiedad del club, gracias a lo cual el club vio un significativo aumento en sus arcas. Ambos partidos se jugaron en el Estadio Mateo Flores centroamericano, ya que para los «Escarlatas» resultaba costoso viajar a Argentina. Su primera participación fue para el olvido, ya que solo ganó 3 partidos de 18, y el equipo de la tercera era muy débil, perdiendo por goleada sus dos últimos partidos, uno de ellos drásticamente por 21-1 contra Atlanta. Rosendo Degiorgi fue elegido como presidente provisorio, y su familia ofreció a sus amigos una habitación en su casa, que funcionó como la primera sede del club.
Dicha norma se mantuvo vigente hasta la temporada 2007-08, en donde los equipos que se proclamaban campeones sin lograr completar el ciclo debían devolver el trofeo dos meses antes de la final del año siguiente, entregándoseles a cambio una réplica a escala menor. Hasta el momento, el cuerpo técnico con el proceso más prolongado ha sido el del argentino José Néstor Pékerman, quien dirigió a la selección desde el 18 de enero de 2012 hasta el 31 de agosto de 2018, para un total de 6 años; entretanto, el estratega que más partidos ha dirigido es Francisco Maturana, con 106 partidos en sus 3 años acumulados al frente del equipo. En ambas finales fue vencido por Rosario Central, respectivamente por 1-0 y 2-1. En la Copa de Honor se enfrentó y ganó en primera fase al Belgrano Athletic, equipo histórico de los orígenes del fútbol argentino en el siglo XIX. En 2009, Toyota y el club de fútbol Orlando City B firmaron un acuerdo hasta diciembre de 2014. El club lleva el logo de Toyota en el centro del pecho de la camiseta.