Dirigido por Gerardo Pelusso accedió a semifinales de la Copa, luego de superar a River Plate argentino, Nacional paraguayo y San Martín peruano en fase de grupos, y al Palmeiras brasileño. El club vivía un pobre momento deportivo, y la nueva directiva designó de urgencia al campeón de 1971 Juan Martín Mugica como técnico y a Esteban Gesto como preparador físico para terminar la Liguilla de 1979. Mugica realizó algunos cambios en el equipo y en el planteo, imponiendo la marcación hombre a hombre por toda la cancha. Desde ese momento no ha vuelto a estar en la Segunda División española. No obstante, a pesar de no obtener ningún logro deportivo en ese año, se incorporaron 15 080 nuevos socios, alcanzando en diciembre de 2013 los 65 738 socios. El 28 de diciembre de 1971 Nacional obtuvo por primera vez el título de campeón mundial. El 15 de diciembre se jugó la primera final, 1:1 en el Estadio Karaiskakis de El Pireo, con gol de Luis Artime. La revancha fue triunfo de Nacional 2:1 con goles de Luis Artime. Luis González. El cambio dio resultado, ya que rápidamente el equipo cambió la pisada y los resultados mejoraron: logró el segundo puesto en ese Apertura y fue campeón del Torneo Clausura, obteniendo también el primer puesto de la Tabla Anual, ambos con un partido de anticipación.
↑ «Francia logró un 3-0 ante Ucrania que le dio el pase a la Copa del Mundo». ↑ a b «La voz del «romántico viajero» vive en La Ligua y contó la historia del himno de la U». En el año 2005 se produce un cambio de himno, este nuevo himno, conocido como «Almería Unión», nació oficialmente en junio de 2005. Este segundo himno fue creado por Guillermo Fernández tras una propuesta realizada por el presidente de la Peña «La Unión», Ángel García. El diseño ganador fue obra de Aldyr García Schlee, un joven nacido en Río Grande del Sur que propuso camiseta amarilla con cuello verde, pantalón azul con franja blanca, y medias blancas y azules. Sin embargo, Nacional formó un plantel que pese a su humildad, daría grandes satisfacciones. 1929: La camiseta se tiñe de rojo en su totalidad y el pantaloncillo se torna blanco, sin embargo, el escudo abandona el atuendo, este uniforme solo es utilizado para un juego contra el «A.D.O.» de Orizaba.
Con este triunfo, Nacional se consagró como el primer tricampeón mundial invicto, gesta igualada años después por el São Paulo FC de Brasil. El año siguiente, ganó su primera Copa Interamericana, derrotando al Cruz Azul mexicano, siendo el único club uruguayo en contar con este trofeo en su palmarés. Esto le dio el derecho al equipo dirigido por JR a definir el Campeonato Uruguayo frente a Defensor, campeón del Torneo Apertura. En la final, el conjunto brasileño derrotó a Uruguay por 3-0 con dos goles de Ronaldo, quien además se consagró goleador del certamen, mejores camisetas de futbol formando dupla atacante con Rivaldo. El partido había terminado empatado 1:1 en tiempo regular y 2:2 tras el alargue, siendo ambos goles obra de Ostolaza. En la Libertadores de 2003 el equipo era aún más poderoso, y protagonizó recordados enfrentamientos contra el Santos, finalizados 4:4 en Montevideo y 2:2 en Vila Belmiro. Durante la Copa Libertadores 1988, el club superó a Wanderers, América de Cali y Millonarios de Bogotá en la fase de grupos.
Bajo la conducción de Pelusso, Nacional realizó su peor campaña histórica por Copa Libertadores 2014, cosechando apenas un punto en la fase de grupos. El equipo finalizó la temporada 2012-13 en la tercera ubicación de la Tabla Anual y logró la clasificación a la Primera Fase de la Copa Libertadores 2014, en la que fue su cuadragésima primera aparición en la Copa. El hasta entonces 15 veces internacional tuvo que ver el partido desde la grada. Nacional superó otra vez a América de Cali en semifinales, y en la final debió enfrentar nuevamente a Newell’s que ganó el primer partido 1:0. La revancha en el Centenario, con 75 000 personas en las tribunas, fue vencida por Nacional por 3:0, con goles de Ernesto Vargas, Ostolaza y Hugo De León. Sería en la fecha 20 contra la Juventus de Turín e ingresaría a los 85 minutos en reemplazo del chileno Mauricio Isla en la derrota 2-1. Su primer partido como titular fue el día 18 de marzo en la Serie A se daría contra el S. S. C. Napoli en el empate 2-2 en un partido que jugaría los 86 minutos del partido y saldría en reemplazo de Joel Ekstrand.